眼に見えない、写真に撮れない部分なので、簡略化した図で説明します。

例として、よくあるシンプルなスナップフィット。

仮組みしたら「ピタッ」とハマり、スキマもない。よしOK!

スナップフィットに接着剤(青)を塗ります。

接着剤がシーリングの役割を持ってしまう。そのため空気の逃げ場がなくなり、空気が圧縮される(赤部分)。

圧縮された空気がパーツを押し戻す。この状態で接着剤が固って、スキマができる。
というわけで、仮組みでは接着剤を塗ってないのでスキマから空気が抜けてピッタリになる。接着剤を塗ると空気が抜けなくて圧縮・反発してスキマができる。こういう現象が起きています。自分の感覚では10回に3回くらい「圧縮で戻されてる〜」ってなります。さらに「接着剤のヒケ」やその他の原因が複合してスキマが発生します。
対処法は状況しだいで。MKカットする。穴をドリルで広げる。クリップで挟み込む。ネジで固定する。それでもスキマはできるのでパテで埋める。などなど。
みなさまに、楽しい模型ライフを!